Takzvaný nový fond vzniká zejména po roce 2012, kdy do správní rady vstoupil JUDr. Jiří Pospíšil, instituci po finanční stránce stabilizoval a následně začal věnovat větší pozornost akvizicím – jak rozšiřování stávajících autorských kolekcí, tak vytváření nových.
Sbírku děl Františka Kupky sestavenou významnou americkou historičkou umění zakoupila Meda Mládková na sklonku roku 2011 a za velkého zájmu médií a veřejnosti ji na začátku příštího roku přivezla do Čech. Tato kolekce se skládá z několika olejů, ale hlavně z řady kreseb a studií, které umožňují výjimečným způsobem nahlédnout na projevy tvůrčího myšlení tohoto výjimečného malíře.
V zájmu o dílo Františka Kupky je příběh Lilli Lonngren Anders podobný příběhu Medy Mládkové. V Museum of Modern Art, kde Lilli Lonngren pracovala jako odborná asistentka pod vedením tehdejšího legendárního ředitele Alfreda H. Barra Jr., při jednom z rozhovorů zjistila, že spolu sdílí zájem o Františka Kupku. Barr vyslovil předpoklad, že Kupka je pravděpodobně prvním abstraktním malířem na světě, a vyzval Lilli Lonngren, aby téma prozkoumala na místě, přímo u malíře žijícího v Paříži. Meda i Lilli tak ve stejnou dobu v padesátých letech v Paříži navštěvovaly Kupku ke konci jeho života a obě se staly sběratelkami jeho díla (Medě se nakonec ovšem podařilo získat řadu opravdu význačných děl). V pokročilém věku obou dam Meda nakonec přesvědčila Lilli, aby jí kolekci pro pražské muzeum prodala.
Hlavní část současných akvizic však směřuje zejména do období po roce 1960. Pozornost se obrátila hlavně k mimopražským autorům, kteří z nejrůznějších, především logistických, důvodů zůstávali mimo cesty Medy Mládkové. Do sbírek se tak dostali autoři jako Jan Wojnar, Dalibor Chatrný, Robert Hliněnský a další. Kromě nich se začala pozornost soustředit (ve výstavní i akviziční politice) také na díla autorů, kteří po násilném ukončení pražského jara odešli do zahraničí – za zmínku stojí například ucelená kolekce děl Karla Trinkewitze, Karla Novosada, Františka Kyncla a dalších. Z dalších významných akvizic minulého období jsou to kupříkladu kolekce děl Jaroslava Vožniaka, René Roubíčka, Vladimíra Kopeckého; dále je možné zmínit práce Adrieny Šimotové, Zbyška Siona, Rudolfa Němce a mnoha dalších.